Durante muchos años los extraterrestres han vivido en la Tierra, mezclados con los seres humanos, sin que nadie lo supiese. Los Hombres de Negro son agentes especiales que forman parte de una unidad altamente secreta del gobierno; su misión consiste en controlar a los alienígenas. Dos de estos agentes (uno veterano y otro recién incorporado), cuya misión consiste en vigilar a los alienígenas que viven en Nueva York, descubren a un terrorista galáctico que pretende acabar con la Humanidad./ Cuatro años después de evitar un desastre intergaláctico, el agente K ha vuelto a trabajar en el servicio postal mientras que el agente J sigue persiguiendo alienígenas. Pero cuando la integridad de la Tierra vuelve a estar en peligro, J tendrá que convencer a K para que se aliste de nuevo en los Hombres de Negro antes de que sea demasiado tarde.
